Clustering Fragmen Metagenom Menggunakan Metode Growing Self Organizing Map (GSOM)

Abstract

Metagenome merupakan mikroorganisme yang diambil secara langsung dari alam. Proses sequenc inggenom dari metagenome mengakibatkan bercampurnya berbagai organisme. Metode pengumpulan data yang digunakan adalah Observasi,menggunakan teknik terjun langsung ke lapangan pada Dinas Lingkungan Hidup Kota Jayapura. Penelitian ini menggunakan data fragmen metagenom dari 300 mikrob. Teknik pengambilan data fragmen metagenom yang digunakan adalah cluster sampling. Lokasi penelitian bertempat di Dinas Lingkungan Hidup Kota Jayapura. Tujuan penelitian ini adalah untk menganalisis efektifitas dan efisiensi metode Growing Self Organizing Map dalam pengelompokan mikrob yang berskala besar dengan panjang fragmen yang pendek berdasarkan frekuensi oligonukleotida. Untuk ekstraksi fitur, digunakan k-mer frequency dan spaced. Digunakan fragmen yang pendek karena pada penelitan terdahulu, panjang fragmen yang digunakan adalah fragmen yang panjang (≥ 8 kbp), sehingga pada penelitian ini hendak mengatasi kelemahan dari penggunaan fragmen pendek dalam pengelompokan fragmen metagenom. Hasil dari pengelompokan fragmen metagenom tersebut akan di uji efektifitas dan efisiensinya.